Implémentation sur FPGA d’un classificateur de chromosomes par utilisation de réseaux de Kohonen

Abstract

Notre travail consiste en la réalisation d’un système portable (sur puce) qui permet d’établir le caryotype humain et la détection d’éventuelles aberrations chromosomiques numériques. L’architecture proposée est formé de deux réseaux de Kohonen. Chacun des deux réseaux opère sur une des deux caractéristiques morphologique ou texturale du chromosome. Ceci permet d’obtenir en sortie une classification pondérée sur l’une des caractéristiques. L’implémentation hardware de notre système sur circuit FPGA SPARTAN 3E (XC3S500E-4fg320) de XILINX a permis un traiteme en temps réel. Un certain nombre de simplifications comme l’utilisation de la distance de Manhattan au lieu de la distance Euclidienne ont permis de diminuer la surface de la puce nécessaire. Cette architecture a consommé 86% des ressources internes de la puce FPGA, avec un fonctionnement piloté par une horloge de 50 Mhz. La performance de notre projet a été testée sur une base de données comprenant des cas normaux et anormaux d’aberration numériques.